| 序号 | 课题名称 | 课题来源 | 起止时间 | 主持人 |
| 1. | 植物激素调节体细胞胚胎发生的分子机理研究 | 国家自然科学基金重点计划重大项目 | 2010-2014 | 张宪省 |
| 2. | 小麦条锈病抗性基因Yr36的同源克隆、功能验证及利用 | 国家转基因生物新品种培育科技重大专项 | 2009-2010 | 付道林 |
| 3. | 高直链淀粉转基因玉米新种质的培育 | 国家转基因生物新品种培育科技重大专项 | 2009-2010 | 赵翔宇 |
| 4. | 棉花抗旱、耐盐和低温重要新基因的克隆和功能验证 | 国家转基因生物新品种培育科技重大专项 | 2009-2010 | 吴长艾 |
| 5. | 利用转基因技术培育抗矮花叶病玉米新品种 | 国家转基因生物新品种培育科技重大专项 | 2009-2010 | 张春庆 |
| 6. | 国家黄淮海区转基因小麦中试和产业化基地 | 国家转基因生物新品种培育重大专项条件能力建设 | 2009-2010 | 孔令让 |
| 7. | 高白度转基因小麦新种质培育 | 973子课 | 2009-2010 | 田纪春 |
| 8. | 黄瓜、番茄AsA-GSH循环途径和光合作用关键酶基因的克隆及其低温弱光下的表达调控研究 | 973子课题 | 2009-2010 | 于贤昌 |
| 9. | 苹果抗逆相关基因分离鉴定及其转基因育种 | 863子课题 | 2009-2011 | 由春香 |
| 10. | 强优势小麦杂交种的创制与应用 | 863子课题 | 2009-2012 | 高庆荣 |
| 11. | 偃麦草抗小麦白粉病基因的鉴定及其利用效应研究 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 王洪刚 |
| 12. | 利用关联分析挖掘小麦骨干亲本“矮猛牛”及其衍生品种（系）的高产基因 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 田纪春 |
| 13. | 玉米Gal-S基因的精细定位及其相关基因的分子克隆 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 陈化榜 |
| 14. | 高产玉米氮-水互作的激素调控机制与氮水高效利用 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 宁堂原 |
| 15. | 五个拟南芥盐和干旱诱导的MiRNAs的功能鉴定及调控途径研究 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 吴长艾 |
| 16. | 拟南芥CCCH型锌指转录因子a亚家族的生物学功能及其作用机理的研究 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 郑成超 |
| 17. | 苹果α-法尼烯合成酶基因克隆、表达载体构建及遗传转化研究 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 张元湖 |
| 18. | 海洋单细胞海藻EPA/DHA生物合成相关基因的筛选与鉴定及其在植物中高效表达的密码子偏性研究 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 亓宝秀 |
| 19. | 甜菜碱提高转基因植物耐热性的生理及分子机制 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 杨兴洪 |
| 20. | 苹果低温诱导基因MdCIbHLH1的功能鉴定、翻译后修饰和转基因应用 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 郝玉金 |
| 21. | 低温弱光下黄瓜Rubisco活化酶基因过量表达效应的研究 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 艾希珍 |
| 22. | NO3-胁迫下黄瓜CsNMAPK介导的信号转到途径研究 | 国家自然科学基金 | 2010-2012 | 杨凤娟 |
| 23. | 果实有机酸积累的分子机理和调控技术 | 农业部公益性行业科技专项 | 2009-2013 | 郝玉金 |
| 24. | 气候变化对农业生产的影响及应对技术研究 | 农业部公益性行业科技专项 | 2009-2013 | 张吉旺 |
| 25. | 葱姜蒜产于发展关键技术研究与示范 | 农业部公益性行业科技专项 | 2009-2013 | 徐坤 |
| 26. | 高产糯玉米山农201和山农202及其无公害生产关键技术示范与推广 | 国家科技支撑计划 | 2009-2011 | 董树亭 |
| 27. | 花生高产高效立体种植模式研究与示范 | 国家科技支撑计划 | 2009-2010 | 李向东 |
| 28. | 花生-栽培土肥研究室-平衡施肥 | 农业部现代农业产业技术体系岗位 | 2009-2012 | 万勇善 |
| 29. | 黄淮海冬麦技术集成与示范 | 农业部优质农产品重大推广项目 | 2009-2010 | 于振文 |
| 30. | 小麦、玉米一年两作农机农艺配套技术研究 | 山东省农业重大应用技术创新项目 | 2009-2012 | 李增嘉 |
| 31. | 丘陵旱地花生高产节本增效关键技术研究 | 山东省农业重大应用技术创新项目 | 2009-2010 | 万勇善 |
| 32. | 苹果连作障碍防治技术研究 | 山东省农业重大应用技术创新项目 | 2009-2010 | 彭福田 |
| 33. | 日光温室环境调控与主要蔬菜优质生产关键技术研究 | 山东省农业重大应用技术创新项目 | 2009-2012 | 魏珉 |
| 34. | 超级玉米及其他粮食作物新品种选育 | 山东省农业良种工程 鲁科农字 | 2009-2011 | 董树亭 |
| 35. | 超级小麦新品种培育 | 山东省农业良种工程 鲁科农字 | 2009-2011 | 田纪春 |
| 36. | 优质高产抗病水果新品种选育 | 山东省农业良种工程 鲁科农字 | 2009-2011 | 陈学森 |
| 37. | 食用型花生新品种培育及配套技术研究 | 山东省农业良种工程 | 2009-2012 | 万勇善 |
| 38. | 高产优质多抗常规棉新品种选育 | 山东省农业良种工程 | 2009-2012 | 孙学振 |
| 39. | 苹果优质高效关键工程技术研究与开发 | 山东省科技厅 | 2009-2012 | 高东升 |
| 40. | 盆栽观赏蔬菜品种筛选及配套栽培技术研究 | 山东省科技厅 | 2009-2011 | 魏佑营 |
| 41. | 利用分子标记辅助选择技术和转基因技术创造多抗玉米优良种质 | 山东省科技厅 | 2008-2010 | 刘保申 |
| 42. | 抗旱小麦新品种山农16号及配套栽培技术推广示范 | 山东省科技厅 | 2009-2010 | 王玮 |
| 43. | 山东省烟草病虫害发生动态及管理信息系统的开发与应用 | 山东省烟草专卖局 | 2009-2010 | 温孚江 |
| 44. | 苹果高效授粉树新品系中试开发 | 山东省农业科技成果转化专项 | 2009-2010 | 沈向 |
